+30 2810 391430
precision_medicine@imbb.forth.gr
Whole Exome Sequencing
Η αλληλούχιση όλων των εξωνίων του ανθρώπινου γονιδιώματος προσφέρει την δυνατότητα ανίχνευσης αλλαγών στην αλληλουχία του DNA στις κωδικοποιούσες περιοχές όλων των γονιδίων του ανθρώπου (~20.000). Οι περιοχές αυτές αποτελούν το 1-2% του γονιδιώματος και σε αυτές έχει εντοπιστεί το 85% των μεταλλάξεων που σχετίζεται με ασθένειες. Η ανάλυση WES αποτελεί ένα πολύ ισχυρό και χρήσιμο εργαλείο στην μοριακή διαγνωστική και χρησιμοποιείται για την ανίχνευση μεταλλάξεων σε ασθένειες με μεγάλη ετερογένεια και ασαφή κλινικό φαινότυπο καθώς και σε περιπτώσεις όπου ο συμβατικός γενετικός έλεγχος ενός ή λίγων γονιδίων δεν έχει αποκαλύψει την γενετική βλάβη.
Στο εργαστήριο η ανάλυση WES πραγματοποιείται με την χρήση του Ion AmpliseqTM Exome RDY kit της εταιρίας ThermoFisher Scientific. Η συγκεκριμένη ανάλυση προσφέρει γρήγορα και αξιόπιστα αποτελέσματα χάρη στον ιδιαίτερο σχεδιασμό της ο οποίος μεγιστοποιεί τα ποιοτικά χαρακτηριστικά και την αποδοτικότητα της συγκεκριμένης μεθοδολογίας. Προσφέρει κάλυψη >97% των κωδικοποιούσων περιοχών και ομοιομορφία κάλυψης >90%.
Τα αποτελέσματα της παραπάνω ανάλυσης συγκρίνονται με το γονιδίωμα αναφοράς του ανθρώπου ώστε να αποκαλυφθούν οι αλλαγές στην αλληλουχία του DNA στο υπό εξέταση δείγμα. Οι αλλαγές αυτές αναλύονται και αξιολογούνται από εξειδικευμένο προσωπικό με την χρήση κατάλληλων βιοπληροφορικών εργαλείων και γενετικών βάσεων δεδομένων.
Περιορισμοί της εξέτασης
Με την παραπάνω ανάλυση ανιχνεύονται σημειακές μεταλλάξεις (SNVs) και μικροελλείψεις/μικροενθέσεις νουκλεοτιδίων (INDELS). Δεν ανιχνεύονται μεταλλάξεις με πολύ χαμηλά επιπέδα μωσαικισμού, τρινουκλεοτιδικές επεκτάσεις, μεγάλες ελλείψεις ή προσθήκες γενετικού υλικού (CNVs) και επιγενετικές τροποποιήσεις του DNA. Επίσης, δεν καλύπτεται το 100% των εξωνικών περιοχών (κάλυψη κωδικοποιούσων περιοχών >97%).
Trio WES
Στην ανάλυση Trio WES πραγματοποιείται ταυτόχρονη ανάλυση όλων των εξωνίων και στους βιολογικούς γονείς του ασθενή προκειμένου να βελτιστοποιηθεί η ερμηνεία των αποτελεσμάτων του πάσχοντος. Τα τρία δείγματα αναλύονται ταυτόχρονα και αξιολογούνται μόνο οι αλλαγές που σχετίζονται με τον φαινότυπο του πάσχοντος ατόμου.
Στο εργαστήριο η ανάλυση WES πραγματοποιείται με την χρήση του Ion AmpliseqTM Exome RDY kit της εταιρίας ThermoFisher Scientific. Η συγκεκριμένη ανάλυση προσφέρει γρήγορα και αξιόπιστα αποτελέσματα χάρη στον ιδιαίτερο σχεδιασμό της ο οποίος μεγιστοποιεί τα ποιοτικά χαρακτηριστικά και την αποδοτικότητα της συγκεκριμένης μεθοδολογίας. Προσφέρει κάλυψη >97% των κωδικοποιούσων περιοχών και ομοιομορφία κάλυψης >90%.
Τα αποτελέσματα της παραπάνω ανάλυσης συγκρίνονται με το γονιδίωμα αναφοράς του ανθρώπου ώστε να αποκαλυφθούν οι αλλαγές στην αλληλουχία του DNA στο υπό εξέταση δείγμα. Οι αλλαγές αυτές αναλύονται και αξιολογούνται από εξειδικευμένο προσωπικό με την χρήση κατάλληλων βιοπληροφορικών εργαλείων και γενετικών βάσεων δεδομένων.
Περιορισμοί της εξέτασης
Με την παραπάνω ανάλυση ανιχνεύονται σημειακές μεταλλάξεις (SNVs) και μικροελλείψεις/μικροενθέσεις νουκλεοτιδίων (INDELS). Δεν ανιχνεύονται μεταλλάξεις με πολύ χαμηλά επιπέδα μωσαικισμού, τρινουκλεοτιδικές επεκτάσεις, μεγάλες ελλείψεις ή προσθήκες γενετικού υλικού (CNVs) και επιγενετικές τροποποιήσεις του DNA. Επίσης, δεν καλύπτεται το 100% των εξωνικών περιοχών (κάλυψη κωδικοποιούσων περιοχών >97%).
Trio WES
Στην ανάλυση Trio WES πραγματοποιείται ταυτόχρονη ανάλυση όλων των εξωνίων και στους βιολογικούς γονείς του ασθενή προκειμένου να βελτιστοποιηθεί η ερμηνεία των αποτελεσμάτων του πάσχοντος. Τα τρία δείγματα αναλύονται ταυτόχρονα και αξιολογούνται μόνο οι αλλαγές που σχετίζονται με τον φαινότυπο του πάσχοντος ατόμου.
